結論: 動画投稿者（チャンネル主）がコメントを手動で削除した場合、そのコメントはコメント主（投稿者本人）にも表示されなくなります。削除されたコメントはコメント主のコメント履歴（マイアクティビティ）にも残らず、履歴のリンクから該当動画に移動してもそのコメントは表示されません。つまり、投稿者によって削除されたコメントがコメント主に見え続けるような仕様にはなっていません。

補足: YouTubeではコメント削除と「非表示」（いわゆるシャドウバン）の機能が異なります。投稿者がコメントを削除した場合は上記のとおりコメント自体が完全に消去され、コメント主にも一切表示されなくなります。一方、投稿者が特定ユーザーのコメントを非表示に設定した場合、そのコメントは他の視聴者から見えなくなりますが、コメント主の画面上では通知もされず引き続き表示されます。今回の質問にある「手動で削除した場合」は前者に該当し、2023～2025年現在の公式仕様でもコメント主には表示されない挙動となっています。

YouTubeのコメントにおけるシャドウバンの挙動

現在（2023～2025年時点）のYouTubeでは、チャンネル運営者が特定ユーザーを「チャンネルに表示しない」（いわゆるシャドウバン）に設定した場合、コメント表示の挙動は以下のようになります:

コメント主本人（ログイン状態）: 自分のコメントは本人には表示されます。投稿者（コメントした本人）は自分のコメントが通常どおり表示されるため、削除や非表示にされたことに気付きにくい仕様です。
他の一般視聴者や動画投稿者: 上記コメントは他のユーザーには表示されません。チャンネル運営者により非表示に設定されたユーザーのコメントは、チャンネル上（動画のコメント欄やYouTube Studioのコメント管理画面）に表示されなくなります。つまり一般の視聴者や投稿者からは見えない状態です。

このように「コメント主には見えているが他のユーザーからは見えない」という挙動が、YouTubeにおけるシャドウバンの特徴です。実際、YouTube公式ヘルプでも「非表示にされたユーザーのコメントはチャンネルに表示されなくなる」と明記されており、2023～2025年現在もこの仕様が適用されています。ユーザーコミュニティの報告などからも、シャドウバンされた側には自分のコメントが見えるが他人には見えないことが確認されています。

参考文献・情報源: